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Universidad Internacional Men?ez Pelayo. Página principal
Overview of the course
MASTER'S DEGREE IN INTEGRATIVE SYNTHETIC BIOLOGY
Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology

DESCRIPTION OF THE SUBJECT

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TIME

Cuatrimestral

CREDITS OF THE SUBJECT

ECTS Credits: 10

TEACHER RESPONSIBLE

Buceta Fernández, Javier
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas

Durante Rodríguez, Gonzalo
Científico Postdoctoral (Microbiología Medioambiental y Molecular)
Centro de Investigaciones Biológicas - CSIC

Monterroso Marco, Begoña
Doctora en Farmacia
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Zorrilla López, Silvia
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

TEACHERS

Albert de la Cruz, Armando Joaquín
Investigador Científico
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Alfonso Botello, Carlos
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Arias Palomo, Ernesto
Doctor en Bioquímica y Biología Molecular
Científico Titulas de los OPIS
Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas (CSIC)

Barriuso Maicas, Jorge
Doctor en Biotecnología
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Blanco Gutiérrez, Francisco José
Doctor en Ciencias Químicas
Investigador científico del CSIC
Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas

Cañada Vicinay, Francisco Javier
Profesor de Investigación
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Carbonell Cortés, Pablo
Doctor Ingeniero Industrial
Profesor Titular de Universidad
Universidad Politécnica de Valencia

Conesa Muñoz, José Javier
Doctor en Biología Molecular y Celular
Posdoctoral
CNB-CSIC

Fernández Fernández, Cristina
Doctora en Biología Molecular/ Técnico especializado OPIS
Ingeniera Química
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas - I2SYSBIO

Fernández Pérez, Francisco José
Doctor en Bioquímica y Biología Molecular
Director Ejecutivo de Abvance Biotech

Fernández Tornero, Carlos
Investigador Científico
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

González Ibáñez, Carlos
Profesor de Investigación
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

González Pérez, Beatriz
Científico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Goñi Moreno, Ángel
Doctor en Ingeniería Informática
Investigador
Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas
Universidad Politécnica de Madrid

Hermoso Domínguez, Juan Antonio
Investigador Científico
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQF)
Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Infantes San Mateo, Lourdes
Científico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Jaramillo Rosales, Alfonso
Doctor en Física
Investigador Científico
Centro Superior de Investigaciones Científicas CSIC

Lietha , Daniel
Investigador Distinguido
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Biológicas (CSIC)

Luque Ortega, Juan Román
Doctor en Biología
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Mancheño Gómez, Jose Miguel
Científico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Martín Santamaría, Sonsoles
Investigadora científica.
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Mompeán García, Miguel Ángel
Investigador Posdoctoral
IQF Blas Cabrera CSIC (Madrid)

Nogales Enrique, Juan
Científico Titular (Group Leader of Systems Biotechnology Group)
Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)

Nollmann Martínez, Marcelo
Doctor
Biofísica
Centre Nationale de la Recherche Scientifique (CNRS)

Núñez Ramírez, Rafael
Técnico Superior Especializado
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Oroz Garde, Francisco Javier
Investigador Postdoctoral
Instituto de Química Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Otero Muras, Irene
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)

Pazos Cabaleiro, Florencio
Doctor en Ciencias
Científico Titular OPIS
Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)

Peñalva Soto, Miguel Ángel
Profesor de Investigación
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Biológicas (CSIC)

Pérez Cañadillas, José Manuel
Cientifico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Pérez Fernández, Ruth
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Pou Alonso, Begoña
Licenciatura en CC Biológicas y Bioquímica
Especialista Opis en microscopía electrónica
Centro de investigaciones biológicas Margarita Salas

Sanz Aparicio, Juliana
Doctora Ciencia Químicas
Investigadora Científica CSIC
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR).
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Tamames de la Huerta, Javier
Doctor en Ciencias
Científico Titular
CNB-CSIC

Vega Fernández, María Cristina
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Escolar Antúnez, Fernando
Especialista I+D+I
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Urchueguía Fornes, Arantxa
Doctorado en Biología de Sistemas
Investigadora postdoctoral: biología sintética
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2sysbio)






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Martes, 05 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentals of protein production toolstemaaaa

11:00 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Membrane protein productiontemaaaa
Daniel Lietha
11:45 - 12:45
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Antibody production in cell-free systemstemaaaa

15:00 - 16:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
In vitro reconstitution of cell mimicking systemstemaaaa

Viernes, 08 Noviembre 2024

10:00 - 10:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - fundamentalstemaaaa

11:00 - 11:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - Nucleic acidstemaaaa

11:30 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - Proteinstemaaaa

12:30 - 13:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
temaaaa
Francisco Javier Oroz Garde
13:00 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - Advanced NMR toolstemaaaa

Investigador Posdoctoral
IQF Blas Cabrera CSIC (Madrid)
Lunes, 11 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentals of X-ray Crystallography: from molecules to crystals and beyondtemaaaa

11:00 - 11:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Membrane Maintenance at Contact Sitestemaaaa

11:30 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Energy-conserving electron bifurcationtemaaaa

12:30 - 13:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Glyco-Synthetic Biologytemaaaa
Juliana Sanz Aparicio
13:00 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Conformational Versatility in Protein Complexestemaaaa

15:00 - 16:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practical session: Crystallization, data collection and structure solutiontemaaaa
Lourdes Infantes San Mateo
16:00 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practical session: Crystallization, data collection and structure solutiontemaaaa

Martes, 12 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentals: EM for the structural analysis of macromoleculestemaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - reconstructing cellular machines (1)temaaaa
Ernesto Arias Palomo
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - practical workshoptemaaaa

13:00 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - practical workshoptemaaaa

15:30 - 16:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - reconstructing cellular machines (2)temaaaa

16:30 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - practical workshoptemaaaa

Miércoles, 13 Noviembre 2024

10:00 - 10:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
AUC, light scatteringtemaaaa

10:30 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
AUC, light scatteringtemaaaa
Carlos Alfonso Botello
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Calorimetry (ITC, DSC), circular dichroismtemaaaa

12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - practical sessiontemaaaa

15:00 - 16:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Molecular interactions - practical workshoptemaaaa

16:00 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Molecular interactions - practical workshoptemaaaa
Carlos Alfonso Botello
Jueves, 14 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentalstemaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Applicationstemaaaa

12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practical casestemaaaa

15:30 - 17:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Chemical biology tools - chemical systems and probestemaaaa

Martes, 19 Noviembre 2024

10:00 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fluorescence spectroscopy / microspectroscopytemaaaa

15:00 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Single-molecule and super-resolution toolstemaaaa

Miércoles, 20 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Droplet microfluidics.temaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Microfluidics - Practical sessiontemaaaa

12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fluorescence - Practical sessiontemaaaa

Martes, 21 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
I) From gene regulatory networks to metabolic pathways. An introduction to biocircuitstemaaaa
Irene Otero Muras
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
II) An introduction to dynamic modeling in systems and synthetic biologytemaaaa
Irene Otero Muras
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(III) Making a genetic toggle switchtemaaaa
Irene Otero Muras
Miércoles, 22 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practicum: Modeling Transcription and Translation (I)temaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practicum: Modeling Transcription and Translation (II)temaaaa

12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Queueing: proteases and degradation as a tool in synthetic biologytemaaaa

Martes, 28 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(I): Introduction, parts, systems and devicestemaaaa
Irene Otero Muras
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
temaaaa
Irene Otero Muras
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(III): Optimization and control of biocircuitstemaaaa
Irene Otero Muras
Miércoles, 29 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(IV): Feed-forward motifstemaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(V): The role of noisetemaaaa

12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(VI): Multicellular Environments: QS and Tissuestemaaaa

Martes, 04 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Examples of de novo RNA sequences with targeted function (riboregulators, de novo ribozymes, etc)temaaaa
Alfonso Jaramillo Rosales
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Computational and experimental design of de novo RNA sequences with targeted functiontemaaaa
Alfonso Jaramillo Rosales
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
De novo virus designtemaaaa
Alfonso Jaramillo Rosales
Miércoles, 05 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Introduction to Metabolic Network Analysistemaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Computational Protein Designtemaaaa

12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Metabolic Pathway Designtemaaaa

Martes, 11 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Sequence-based assignment of protein functional sitestemaaaa
Florencio Pazos Cabaleiro
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Analysis of biological networks: a complex-network approachtemaaaa
Florencio Pazos Cabaleiro
Miércoles, 12 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Bottom-up assembly of microbial ecosystem from metagenome datatemaaaa
Javier Tamames de la Huerta
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Synthetic communities-based biofactoriestemaaaa
Juan Nogales Enrique
Jueves, 13 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Bacterial computing (I)temaaaa

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Bacterial computing (II)temaaaa


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