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Overview of the course
MASTER'S DEGREE IN INTEGRATIVE SYNTHETIC BIOLOGY
Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology

DESCRIPTION OF THE SUBJECT

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TIME

Cuatrimestral

CREDITS OF THE SUBJECT

ECTS Credits: 10

TEACHER RESPONSIBLE

Buceta Fernández, Javier

Doctor C.C. Físicas

Científico Titular 

Investigador Principal

I2SysBio-CSIC

Durante Rodríguez, Gonzalo

Doctor en Biología

Científico Posdoctoral (Microbiología Medioambiental y Molecular)

CIB Margarita Salas-CSIC

Monterroso Marco, Begoña

Doctora en Farmacia

Investigador contratado (Biología y Biomedicina).

CIB-CSIC

Zorrilla López, Silvia

Doctora en Ciencias Químicas

Científico Titular de OPIs. 

Biología y Biomedicina.

CSIC

TEACHERS

Albert de la Cruz, Armando Joaquín

Doctor en Ciencias Químicas

Investigador Científico (Área de Química)

IQFR-CSIC

Alfonso Botello, Carlos

Doctor en Ciencias Químicas

Científico Titular de OPIS (Biología Biomedicina)

CSIC

Arias Palomo, Ernesto

Doctor en Bioquímica y Biología Molecular

Científico Titulas de los OPIS

CIB Margarita Salas-CSIC

Blanco Gutiérrez, Francisco José

Doctor en Ciencias Químicas

Investigador Científico 

IBV-CSIC 

Cañada Vicinay, Francisco Javier

Doctor en Ciencias, especialidad Químicas

Profesor de Investigación 

CSIC

Carbonell Cortés, Pablo Jorge

Doctor Ingeniero Industrial

Investigador Científico 

I2SysBio-CSIC

Conesa Muñoz, José Javier

Doctor en Biología Molecular y Celular

Posdoctoral

CNB-CSIC

Fernández Pérez, Francisco José

Doctor en Bioquímica y Biología Molecular por el EMBL-UAB

Licenciado en Bioquímica y Biología Molecular (UMU)

Director (CEO) de Abvance Biotech, S.L.

Fernández Tornero, Carlos

Doctor en Biología Molecular

Científico Titular (Biología Estructural y Bioquímica).

CIB-CSIC

González Ibáñez, Carlos

Doctor en Ciencias Físicas

Profesor de Investigación 

IQFR-CSIC

González Pérez, Beatriz

Doctora en Ciencias Químicas

Científica Titular

IQFR-CSIC

Goñi Moreno, Ángel

Doctor en Ingeniería Informática

Investigador

UPM-CBGP

Hermoso Domínguez, Juan Antonio

Doctor en Ciencias Físicas

Profesor de Investigación 

IQFR-CSIC

Infantes San Mateo, Lourdes

Doctora en Química

Científica Titular

IQFR-CSIC

Jaramillo Rosales, Alfonso

Doctor Físicas

Investigador Científico

CSIC

Lietha , Daniel

PhD

Jefe de Grupo 

Área: Biología estructural, Señalización y Adhesión Celular, interacciones proteína-lípidos/membranas.

CIB

Luque Ortega, Juan Román

Doctor en Biología

Titulado Superior Especializado 

CSIC

Mancheño Gómez, Jose Miguel

Doctor Ciencias Biológicas

Científico Titular OPIs

IQFR-CSIC

Martín Santamaría, Sonsoles

Doctora en Farmacia

Científica Titular

CIB-CSIC

Mompeán García, Miguel Ángel

Doctor en Biofísica, 

Máster Europeo Química Teórica y Modelización Computacional (EMTCCM)

Licenciado en Bioquímica, Licenciado en Química

Investigador A3 - Personal Científico Titular de Organismos Públicos de Investigación

Instituto de Química Física Blas Cabrera

Nogales Enrique, Juan

Doctor 

Científico Titular (Group Leader of Systems Biotechnology Group)

CNB-CSIC

Nollmann Martínez, Marcelo

Doctor 

Biofísica

CNRS

Núñez Ramírez, Rafael

Doctor

Técnico superior especializado

CIB-CSIC

Oroz Garde, Francisco Javier

Doctor en Biología Molecular

Investigador Posdoctoral Senior

IQFR-CSIC

Otero Muras, Irene

Doctora por la Universidad de Vigo

Ingeniera Química 

Científica Titular 

UV-CSIC

Pazos Cabaleiro, Florencio

Doctor en Ciencias

Científico Titular OPIS

CNB-CSIC

Pérez Cañadillas, José Manuel

Doctor en Ciencias Químicas

Científico Titular en Ciencia y Tecnologías Químicas 

IQFR-CSIC

Pérez Fernández, Ruth

Doctora en Ciencias Químicas

Licenciada en Ciencias Químicas

Científica Titular

CIB-CSIC

Pou Alonso, Begoña

Licenciatura en Ciencias Biológicas y Bioquímica

Especialista OPIs en Microscopía Electrónica

IQFR

Sanz Aparicio, Juliana

Doctora en Ciencia Químicas

Investigadora Científica 

IQFR-CSIC

Tamames de la Huerta, Javier

Doctor en Ciencias

Científico Titular

CNB-CSIC

Vega Fernández, María Cristina

Doctora en Bioquímica y Biología Estructural (UPC)

Licenciada en Ciencias Químicas (UB)

Científica Titular 

CIB-CSIC






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Martes, 05 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentals of protein production toolstemaaaa
María Cristina Vega Fernández
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:00 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Membrane protein productiontemaaaa
Daniel Lietha
Investigador Distinguido
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Biológicas (CSIC)
11:45 - 12:45
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Antibody production in cell-free systemstemaaaa
Francisco José Fernández Pérez
Doctor en Bioquímica y Biología Molecular
Director Ejecutivo de Abvance Biotech
13:00 - 14:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
In vitro reconstitution of cell mimicking systemstemaaaa
Cristina Fernández Fernández
Doctora en Biología Molecular/ Técnico especializado OPIS
Ingeniera Química
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas - I2SYSBIO
Viernes, 08 Noviembre 2024

10:00 - 10:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - fundamentalstemaaaa
Francisco José Blanco Gutiérrez
Doctor en Ciencias Químicas
Investigador científico del CSIC
Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas
11:00 - 11:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - Nucleic acidstemaaaa
Carlos González Ibáñez
Profesor de Investigación
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:30 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - Proteinstemaaaa
José Manuel Pérez Cañadillas
Cientifico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
12:30 - 13:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR ¿ Protein supramolecular assembliestemaaaa
Francisco Javier Oroz Garde
Investigador Postdoctoral
Instituto de Química Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
13:00 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - Advanced NMR toolstemaaaa
Miguel Ángel Mompeán García
Doctor en Biofísica, Máster Europeo Química Teórica y Modelización Computacional (EMTCCM), Licenciado en Bioquímica, Licenciado en Química.
Instituto de Química Física Blas Cabrera.
Investigador A3 - Personal Científico Titular de Organismos Públicos de Investigación.

Lunes, 11 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentals of X-ray Crystallography: from molecules to crystals and beyondtemaaaa
Juan Antonio Hermoso Domínguez
Investigador Científico
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQF)
Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:00 - 11:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Membrane Maintenance at Contact Sitestemaaaa
Armando Joaquín Albert de la Cruz
Investigador Científico
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:30 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Energy-conserving electron bifurcationtemaaaa
Jose Miguel Mancheño Gómez
Científico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
12:30 - 13:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Glyco-Synthetic Biologytemaaaa
Juliana Sanz Aparicio
Doctora Ciencia Químicas
Investigadora Científica CSIC
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR).
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

13:00 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Conformational Versatility in Protein Complexestemaaaa
María Cristina Vega Fernández
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
15:00 - 16:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practical session: Crystallization, data collection and structure solutiontemaaaa
Lourdes Infantes San Mateo
Científico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
16:00 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practical session: Crystallization, data collection and structure solutiontemaaaa
Beatriz González Pérez
Científico Titular
Instituto de Química-Física Rocasolano (IQFR)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
Martes, 12 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentals: EM for the structural analysis of macromoleculestemaaaa
Carlos Fernández Tornero
Investigador Científico
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - reconstructing cellular machines (1)temaaaa
Ernesto Arias Palomo
Doctor en Bioquímica y Biología Molecular
Científico Titulas de los OPIS
Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas (CSIC)
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - practical workshoptemaaaa
Rafael Núñez Ramírez
Técnico Superior Especializado
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
13:00 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - practical workshoptemaaaa
Begoña Pou Alonso
Licenciatura en CC Biológicas y Bioquímica
Especialista Opis en microscopía electrónica
Centro de investigaciones biológicas Margarita Salas
15:30 - 16:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - reconstructing cellular machines (2)temaaaa
José Javier Conesa Muñoz
Doctor en Biología Molecular y Celular
Posdoctoral
CNB-CSIC
16:30 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
EM - practical workshoptemaaaa
José Javier Conesa Muñoz
Doctor en Biología Molecular y Celular
Posdoctoral
CNB-CSIC
Miércoles, 13 Noviembre 2024

10:00 - 10:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
AUC, light scatteringtemaaaa
Juan Román Luque Ortega
Doctor en Biología
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
10:30 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
AUC, light scatteringtemaaaa
Carlos Alfonso Botello
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Calorimetry (ITC, DSC), circular dichroismtemaaaa
Begoña Monterroso Marco
Doctora en Farmacia
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
NMR - practical sessiontemaaaa
Francisco Javier Cañada Vicinay
Profesor de Investigación
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
15:00 - 16:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Molecular interactions - practical workshoptemaaaa
Juan Román Luque Ortega
Doctor en Biología
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
16:00 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Molecular interactions - practical workshoptemaaaa
Carlos Alfonso Botello
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Jueves, 14 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fundamentalstemaaaa
Sonsoles Martín Santamaría
Investigadora científica.
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Applicationstemaaaa
Sonsoles Martín Santamaría
Investigadora científica.
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practical casestemaaaa
Sonsoles Martín Santamaría
Investigadora científica.
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
15:30 - 17:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Chemical biology tools - chemical systems and probestemaaaa
Ruth Pérez Fernández
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
Martes, 19 Noviembre 2024

10:00 - 12:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fluorescence spectroscopy / microspectroscopytemaaaa
Silvia Zorrilla López
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
15:00 - 17:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Single-molecule and super-resolution toolstemaaaa
Marcelo Nollmann Martínez
Doctor
Biofísica
Centre Nationale de la Recherche Scientifique (CNRS)
Miércoles, 20 Noviembre 2024

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Droplet microfluidics.temaaaa
Begoña Monterroso Marco
Doctora en Farmacia
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Microfluidics - Practical sessiontemaaaa
Begoña Monterroso Marco
Doctora en Farmacia
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Fluorescence - Practical sessiontemaaaa
Silvia Zorrilla López
Científico Titular
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB)
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
Martes, 21 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
I) From gene regulatory networks to metabolic pathways. An introduction to biocircuitstemaaaa
Irene Otero Muras
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
II) An introduction to dynamic modeling in systems and synthetic biologytemaaaa
Irene Otero Muras
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(III) Making a genetic toggle switchtemaaaa
Irene Otero Muras
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)
Miércoles, 22 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practicum: Modeling Transcription and Translation (I)temaaaa
Javier Buceta Fernández
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Practicum: Modeling Transcription and Translation (II)temaaaa
Javier Buceta Fernández
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Queueing: proteases and degradation as a tool in synthetic biologytemaaaa
Javier Buceta Fernández
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas
Martes, 28 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(I): Introduction, parts, systems and devicestemaaaa
Irene Otero Muras
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(II): Automated design of biocircuitstemaaaa
Irene Otero Muras
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(III): Optimization and control of biocircuitstemaaaa
Irene Otero Muras
Doctora en Ingeniería Química (Universidad de Vigo)
Científica Titular CSIC
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (UV-CSIC)
Miércoles, 29 Enero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(IV): Feed-forward motifstemaaaa
Javier Buceta Fernández
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(V): The role of noisetemaaaa
Javier Buceta Fernández
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
(VI): Multicellular Environments: QS and Tissuestemaaaa
Javier Buceta Fernández
Doctor C.C. Físicas
Cientifico Titular CSIC/Investigador Principal
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas
Martes, 04 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Examples of de novo RNA sequences with targeted function (riboregulators, de novo ribozymes, etc)temaaaa
Alfonso Jaramillo Rosales
Doctor en Física
Investigador Científico
Centro Superior de Investigaciones Científicas CSIC
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Computational and experimental design of de novo RNA sequences with targeted functiontemaaaa
Alfonso Jaramillo Rosales
Doctor en Física
Investigador Científico
Centro Superior de Investigaciones Científicas CSIC
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
De novo virus designtemaaaa
Alfonso Jaramillo Rosales
Doctor en Física
Investigador Científico
Centro Superior de Investigaciones Científicas CSIC
Miércoles, 05 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Introduction to Metabolic Network Analysistemaaaa
Pablo Jorge Carbonell Cortés
Doctor Ingeniero Industrial
Profesor Titular de Universidad
Universidad Politécnica de Valencia
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Computational Protein Designtemaaaa
Pablo Jorge Carbonell Cortés
Doctor Ingeniero Industrial
Profesor Titular de Universidad
Universidad Politécnica de Valencia
12:30 - 13:30
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Metabolic Pathway Designtemaaaa
Pablo Jorge Carbonell Cortés
Doctor Ingeniero Industrial
Profesor Titular de Universidad
Universidad Politécnica de Valencia
Martes, 11 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Sequence-based assignment of protein functional sitestemaaaa
Florencio Pazos Cabaleiro
Doctor en Ciencias
Científico Titular OPIS
Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Analysis of biological networks: a complex-network approachtemaaaa
Florencio Pazos Cabaleiro
Doctor en Ciencias
Científico Titular OPIS
Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)
Miércoles, 12 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Bottom-up assembly of microbial ecosystem from metagenome datatemaaaa
Javier Tamames de la Huerta
Doctor en Ciencias
Científico Titular
CNB-CSIC
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Synthetic communities-based biofactoriestemaaaa
Juan Nogales Enrique
Científico Titular (Group Leader of Systems Biotechnology Group)
Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)
Jueves, 13 Febrero 2025

10:00 - 11:00
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Bacterial computing (I)temaaaa
Ángel Goñi Moreno
Doctor en Ingeniería Informática
Investigador
Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas
Universidad Politécnica de Madrid
11:15 - 12:15
(102625) Advanced Methods in Integrative Synthetic Biology
Bacterial computing (II)temaaaa
Ángel Goñi Moreno
Doctor en Ingeniería Informática
Investigador
Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas
Universidad Politécnica de Madrid

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